目前研究方向为包括人基因组，宏基因组和代谢组在内的疾病多组学研究。主要研究内容是通过对基因组、代谢组和微生物组等多个层面的组学数据进行分析和整合，探索宿主基因组和各部位菌群以及代谢物的关联机制和因果关系，以及重大疾病发生发展的分子机理。建立了基因组，宏基因组，代谢组等多组学分析平台；探讨多组学与代谢性疾病及复杂疾病的关联机制；首次创新性运用孟德尔随机化这一天然过程发现了多项可能具有应用前景的肠道菌群与宿主代谢表型的因果作用，例如Alistipes和Oscillibacter有望降低甘油三酯，肠道菌群果糖代谢通路升高尿酸、降低孕酮，而血液的叶酸、硒等水平通过抑制变形菌门从而降低心血管疾病发生风险。这些研究为靶向菌群的代谢性疾病干预治疗提供数据支持和重要参考。