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韦中/周新刚等Cell子刊：病原真菌利用内共生菌，毒杀植物保护菌

针对细菌内共生体如何增强真菌致病性的问题，利用无菌/自然土壤盆栽模型、16S测序及代谢组学，解析了番茄尖孢镰刀菌（FOL）、内共生体与根际微生物组的三方互作。

康奈尔大学郭春君团队NBT：非模式肠道梭菌遗传操作工具，精准调控代谢物

针对非模式肠道梭菌缺乏通用遗传工具的问题，整合宏转录组数据与NanoLuc报告系统筛选强启动子，并开发了跨物种兼容的可诱导表达与CRISPR-Cas编辑平台。

浙大柳志刚团队iMeta综述：肠道微生物组，被忽视的“器官”

肠道微生物组具备空间异质性、代谢活性与系统调控潜能，已成为整合宿主生理网络的核心器官样系统

西湖大学陶亮团队：氨基酸配方奶喂养，为何增加婴幼儿艰难梭菌疾病风险？

针对两岁以下婴幼儿艰难梭菌相关疾病（CDAD）风险因素未明的问题，整合27例患儿与56例无症状携带者的临床及宏基因组数据，并利用粪菌移植小鼠模型验证因果关系。

南京农大沈宏团队：肠道里的“双面”吲哚，饮食如何重塑瘤胃微生物代谢？

针对肠道吲哚代谢失衡难以精准干预的难题，利用奶牛瘤胃模型及多组学技术，解析了色氨酸酶（TnaA）变体的结构与动力学特征及其对饮食诱导的吲哚过度生成的贡献。

吉林农大杨桂连团队：告别粪菌移植盲盒，合成菌群开启精准医疗（综述）

针对粪菌移植组成不明与生物安全风险，合成微生物群落（SynComs）作为成分明确、理性设计的活体生物药，旨在实现靶向肠道菌群调控。

清华梁冠翔团队Science子刊：AI点亮肠道暗物质，绘制菌群酶图谱

构建基于微调蛋白质大语言模型与距离加权K近邻算法的分层酶注释工具FEDKEA，并配套宏基因组酶谱分析流程MEnzMap。

北医三院姜长涛团队：菌源同工酶加剧肠炎，红茶提取物茶黄素可改善

聚焦肠道菌群同工酶底物特异性不明的问题，整合酶活性谱、活性依赖性蛋白谱及葡聚糖硫酸钠诱导的小鼠模型解析普通拟杆菌来源DPP4的功能。

内蒙农大孙志宏/孙传凯等：破解肠道交叉喂养，下一代微生物疗法的基石（综述）

针对肠道微生物交叉喂养机制与活体生物治疗产品（LBPs）转化脱节问题，构建“机制–技术–应用”证据框架，系统评估四类资源转移场景及验证层级。

港中大苏奇团队Cell子刊：降低压力改善睡眠，锁定关键肠菌和代谢物

整合171例失眠患者与对照者宏基因组数据及慢性轻度应激小鼠模型，解析肠道菌群失衡驱动失眠的肠脑轴机制。

遗传发育所周俭民团队Cell：植物发出“缺磷信号”，招募“友”菌互惠合作

针对非菌根植物磷营养机制不清的问题，利用拟南芥突变体、根际细菌单关联及转录组分析解析了植物-细菌互惠机制。

南医大张喆庆团队：长期饮茶或助肌肉抗衰？多组学揭开肠-肌轴新线索

针对饮茶与骨骼肌健康长期关联不明的问题，对3408名中老年人进行约12年随访，整合双能X射线吸收测定、宏基因组、粪便代谢组及血清蛋白质组学展开前瞻性队列分析。

北大人民医院王辉团队：肺泡微环境解码，特定病菌预示重症肺炎结局

针对急性重症下呼吸道感染下呼吸道微生物组与预后关系不明的问题，对53例asLRTI患者和35例对照进行宏基因组、转录组、蛋白质组及代谢组学联合分析，并实施100天随访。

复旦郑琰/孙仲汉等iMeta：孕早期肠道菌群异常，如何推高妊娠糖尿病风险？

基于784例孕早期孕妇巢式队列，整合宏基因组与靶向脂质组学，解析肠道菌群与宿主脂质互作对妊娠期糖尿病（GDM）风险的影响。

中大胡海燕团队：杀菌又修胃，多效纳米药物阻断幽门螺杆菌致癌之路

针对幽门螺杆菌感染难根除及肠化生不可逆难题，开发胃上皮细胞膜靶向口服纳米药物GLONs，通过恢复SIRT1实现菌体清除与肠化生逆转。

东北农大姜毓君团队：“蛋白铠甲”助益生菌活着进肠道（综述）

针对益生菌在加工与消化中易失活的挑战，食品蛋白自组装与共组装行为驱动了多样化递送材料的形成，为结构导向的递送系统设计提供了统一框架。

北京畜牧兽医所赵勇团队iMeta：益生菌LRY15如何“远程修复”卵巢功能，改善生育力？

针对顺铂诱导的卵巢功能障碍，利用小鼠模型结合基因编辑、空间转录组学及Fads2−/−小鼠，探究益生菌罗伊氏粘液乳杆菌Y15（LRY15）的作用机制。

珠江医院何彦团队iMeta综述：跨越母婴的微生物对话，重塑神经与免疫发育

母婴微生物轴在孕前至儿童期的动态演进与宿主生理成熟阶段存在严格时间耦合，阶段特异性代谢信号错位是引发远期发育障碍的核心驱动力。

珠江医院张冬鑫团队Cell子刊：靶向肠道菌群与脂质代谢，开启子宫内膜异位症无创诊断

针对子宫内膜异位症病因不明问题，整合患者队列、伪无菌小鼠模型及原代子宫内膜基质细胞，解析肠道菌群-代谢物-子宫轴的致病机制。

中山大学肿瘤防治中心邱妙珍/王朝晔等NC：维生素B5唤醒B细胞，HER2阳性胃癌干预新策略

针对HER2阳性和阴性胃癌患者中抗PD-1疗效差异的问题，利用单细胞多组学分析结合小鼠模型解析免疫化疗响应的B细胞代谢调控机制。